Quando una base di ricerca militare viene attaccata, un piccolo gruppo di civili e militari scappa su una nave nello spazio profondo. Ma emergono delle divergenze tra chi vuole cercare di tornare sulla Terra e chi vuole rimanere sulla Destiny.

Dopo aver contattato di nascosto il Comando Terrestre, il dr. Rush (Robert Carlyle) dice che il gen. O'Neill (Richard Dean Anderson) gli ha affidato il comando e che non c'è speranza di tornare sulla Terra. Ma le sue affermazioni vengono contestate.

Vista la scarsa riserva d'aria sulla Destiny, una squadra sbarca su un pianeta desertico in cerca del minerale per depurare l'aria della nave dall'anidride carbonica. Mentre una squadra cerca l'importante minerale, l'altra ha un obiettivo diverso.

L'equipaggio lavora di notte per cercare di capire perché le riserve di energia della navicella siano tanto basse. Ma quando la rotta di volo della Destiny verso un sistema solare rivela tre pianeti, l'equipaggio spera che uno di essi sia abitabile.

La Destiny è ancora senza energia e l'equipaggio intende abbandonarla usando l'ultimo shuttle funzionante, sperando di trovare un pianeta abitabile. Ma la speranza dura poco, perché l'unico modo per stabilire chi va e chi resta è tirare a sorte.

Nonostante il razionamento rigoroso e la sicurezza giorno e notte, le riserve d'acqua a bordo continuano a calare. Il dr. Rush non sa spiegare quest'ultimo intoppo ma, per sopravvivere, l'equipaggio deve trovare presto un'altra fonte d'acqua.

La situazione sulla Destiny è critica. Il gen. O'Neill (Richard Dean Anderson) e il Comando Terrestre ordinano al col. Young di attuare un piano molto rischioso escogitato dagli scienziati della IOA che potrebbe riportare l'equipaggio sulla Terra.

Dopo aver fatto un'incredibile scoperta su un pianeta giungla, i membri della squadra si ammalano. Nel tentativo di isolare l'infezione, la squadra organizza un accampamento nella giungla. Ma nella notte, la malattia sarà l'ultimo dei loro problemi.

Grazie alle pietre di comunicazione, il ten. Scott e Camile Wray passano il tempo sulla Terra a fare visita ai loro cari. A bordo della Destiny, l'equipaggio si imbatte in un'antica tecnologia che porta con sé la promessa di farli tornare a casa.

Tutti sono scioccati quando un membro dell'equipaggio viene trovato morto. Anche se sembra un suicidio, la pistola non si trova da nessuna parte, finché non appare nella stanza del col. Young (Louis Ferreira) e lui diventa il sospettato principale.

Un'astronave aliena compare sulla rotta della Destiny e la attacca, catturando Chloe. Il col. Young deve usare di nuovo le pietre per salire a bordo della navicella e provare a salvarla. Presto scopre che Chloe non è l'unica prigioniera.

Sospettando che ci sia un segnalatore alieno nascosto a bordo della Destiny, Young e Scott perlustrano lo scafo della nave. Sfruttando la distrazione, un gruppo a bordo mette in atto un ammutinamento dalle conseguenze potenzialmente fatali.

Scorte in esaurimento, routine tediose e morale a terra continuano ad affliggere l'equipaggio, quando la Destiny disattiva di colpo l'FTL ed entra nell'orbita di un sistema solare. Ma per la prima volta, il conto alla rovescia non si attiva!

Ignorando gli ordini, Rush si collega al computer della Destiny tramite la sedia di interfaccia neurale, sperando che riveli il codice per controllare la rotta di volo. Quando lo scopre, il col. Young lotta per impedire a Rush di rischiare la vita.

Intrappolati tra le rovine di un labirinto sotterraneo, alcuni membri della Destiny risultano dispersi e la navicella rientra in modalità FTL. La situazione peggiora quando Rush (Robert Carlyle) scopre che la Destiny presto lascerà la galassia!

Con i membri dell'equipaggio dispersi, la Destiny passa dalla galassia attuale a quella successiva. Non riuscendo a cambiare la rotta, il dr. Rush calcola che la Destiny non raggiungerà la galassia successiva, bloccando l'equipaggio nello spazio.

I membri dell'equipaggio iniziano a soffrire di allucinazioni spaventosamente realistiche. Mentre le allucinazioni si diffondono agli altri membri dell'equipaggio, la dr.ssa Johansen (Alaina Huffman) deve scoprirne la causa prima che qualcuno muoia.

Dopo un brutto incubo, il dr. Rush sospetta che Telford possa essere una spia dell'Alleanza. Rush si confida con il col. Young, che sospetta che ci possa essere una memoria residua che si è sovrapposta durante lo scambio con Telford giorni prima.

Quando Telford rivela che la Destiny rischia di essere invasa dall'Alleanza Lucian, viene sferrato un attacco preventivo contro la loro base segreta. Nel frattempo, i Lucian costringono il dr. Rush ad aiutarli a organizzare un assalto alla Destiny.

L'equipaggio della Destiny deve lottare quando l'Alleanza Lucian attraversa lo Stargate, determinata a prendere la navicella con la forza. Nel frattempo ci sono dei blackout elettrici in tutta la nave causati da mortali esplosioni radioattive.