Il miglior amico di Scott McCall (Tyler Posey), Stiles (Dylan O'Brien), lo convince a unirsi a lui alla ricerca di un corpo scomparso, ma una creatura emerge dal buio e morde Scott, e la sua vita cambia per sempre.

Scott (Tyler Posey) è diventato un lupo mannaro e deve gestire i cacciatori sulle sue tracce, un altro lupo mannaro (Tyler Hoechlin) e le pressioni della vita da adolescente, mentre cerca di avere un secondo appuntamento con Allison (Crystal Reed).

Il primo appuntamento di Scott (Tyler Posey) con Allison diventa un temuto "appuntamento di gruppo". Nel frattempo, un attacco di un animale misterioso scuote lo sceriffo Stilinski (Linden Ashby) e il resto di Beacon Hills.

Dal momento che la sua vita è in pericolo, Derek (Tyler Hoechlin) deve allearsi con i riluttanti Scott (Tyler Posey) e Stiles (Dylan O'Brien). Scott sopravvive alla cena con il padre (JR Bourne) di Allison e Stiles cerca di tenere in vita Derek.

Un nuovo bestiale attacco scuote le autorità. Quando Scott (Tyler Posey) e Allison (Crystal Reed) saltano la scuola senza preavviso, Derek (Tyler Hoechlin) deve gestire i più aggressivi cacciatori di lupi mannari da solo.

Scott (Tyler Posey) e Stiles (Dylan O'Brien) pensano a nuovi modi per controllare la trasformazione di Scott e permettergli di stare con Allison (Crystal Reed); Derek (Tyler Hoechlin) vuole allearsi con Scott nella sua battaglia contro i cacciatori.

Derek (Tyler Hoechlin) viene selvaggiamente attaccato dall'Alpha, e Scott (Tyler Posey), Stiles (Dylan O'Brien) e i loro amici si ritrovano in trappola nel liceo di Beacon Hills di notte, dove devono affrontare dubbi e sospetti reciproci.

Con Derek (Tyler Hoechlin) in fuga dallo sceriffo Stilinski (Linden Ashby), Stiles (Dylan O'Brien) deve aiutare Scott (Tyler Posey) ad affrontare la sua seconda luna piena. Jackson (Colton Haynes) cerca di avvicinarsi ad Allison (Crystal Reed).

Indizi, come un precedente incontro con Derek (Tyler Hoechlin), portano Jackson (Colton Haynes) a una pericolosa rivelazione su Scott (Tyler Posey) che potrebbe mettere a rischio non solo la vita di Scott, ma anche la sua.

Importanti rivelazioni attendono Scott (Tyler Posey), che si precipita a proteggere le persone che ama, Allison (Crystal Reed) inclusa, la quale inizia a seguire indizi lasciati dalla zia Kate che riguardano la storia della sua famiglia.

Allison (Crystal Reed) combatte con i segreti di famiglia e si concentra sul ballo Winter Formal, mentre le tensioni tra lupi mannari e cacciatori sono alle stelle e Scott (Tyler Posey) lotta per proteggere amici e nemici.

Nel finale di stagione, Scott McCall (Tyler Posey) scopre un indizio che gli permette di arruolare entrambi i suoi amici, e persino un nemico, per fermare misteriosi omicidi e riconquistare Allison (Crystal Reed), la ragazza che ama.