L'alleanza temporanea con i Wraith si ritorce contro la squadra, che deve fermare due navi alveare dei Wraith dirette verso la Terra. Weir ordina di attaccare e Sheppard conta su Michael per salvare McKay e Ronon, che sono stati catturati.

Il retrovirus per trasformare un'intera nave alveare dei Wraith in umani funziona, e la squadra torna ad Atlantide con i prigionieri in fase di stasi. Weir continua a difendere la sua leadership quando l'IOA avvia una revisione indipendente.

La squadra arriva in un piccolo villaggio con un leader venerato. Beckett è colpito dal fascino dell'uomo, e lo porta ad Atlantide. Presto McKay scopre che Lucius utilizza un feromone per ammaliare chi lo circonda.

Esplorando un villaggio, Ronon attira inconsapevolmente i Wraith e la squadra viene attaccata. Gli abitanti liberano Sheppard e Teyla che organizzano una forza d'attacco, ma quando arrivano, scoprono che il villaggio è stato devastato.

Il dr. McKay scopre un indizio su un sito per test degli Antichi abbandonato. Qui la squadra trova una vasta metropoli che sostiene milioni di Antichi. Desiderosa di stringere un'alleanza, Weir è scioccata quando il leader Oberoth rifiuta l'offerta.

Weir si sveglia in un sanatorio fuori Washington e scopre con stupore che tutta la sua esperienza ad Atlantide è stata una fantasia. Apprende, infatti, che un incidente d'auto ha scatenato in lei una forma di psicosi illusoria.

Chiamata su un pianeta da un codice di comunicazione, la squadra è attaccata da Kolya, che ha creato la propria fazione di Genii dopo la sua espulsione. Mentre il resto della squadra riesce a scappare, Sheppard viene fatto prigioniero.

McKay è chiamato a Terra per convincere la sorella Jeannie Miller, con la quale non ha più rapporti, ad aiutare l'aeronautica. I due arrivano ad Atlantide e l'esperimento sembra avere successo, finché non arriva un McKay da un universo parallelo.

Mentre cercano la squadra del maggiore Leonard che è dispersa, McKay e i suoi seguono le letture energetiche nella speranza di trovarli, e scoprono un generatore Wraith in una caverna che causa un picco d'energia.

Gli Antichi si svegliano, incontrano O'Neill e Woolsey, li ringraziano per essersi presi cura della città in loro assenza, e reclamano Atlantide. Con Ronon e Teyla nella Galassia di Pegaso, il resto della squadra fa fatica a riabituarsi alla Terra.

O'Neill e Woolsey, unici sopravvissuti a un attacco sanguinario dei Replicatori, si nascondono in una sezione abbandonata della città. Sanno che, in caso di problemi, Landry ha l'ordine di distruggere Atlantide, e attendono il loro destino.

Teyla inizia a vedere apparizioni di Antichi che chiedono aiuto. Crede siano i fantasmi degli Antichi massacrati dai Replicatori. McKay trova la balena che lo ha salvato un anno prima mentre era intrappolato in un Puddle Jumper sommerso.

La squadra sente raccontare di un grande guerriero che ha sconfitto Genii e Wraith, e lo cerca sperando di trovare un potente nuovo alleato. Ma il grande guerriero non è altri che Lucius, probabilmente tornato ai suoi vecchi trucchi.

Per conservare l'energia, McKay spegne tutti i sistemi inutili attivati dagli Antichi prima di essere uccisi dai Replicatori, ma viene colpito per sbaglio dal raggio energetico di un misterioso dispositivo.

Lorne scopre un pianeta con una serie di satelliti in orbita. Gli abitanti, rimasti più o meno all'epoca rinascimentale, hanno una bandiera con il volto di McKay. Inoltre, quello che la squadra ha trovato poco prima potrebbe essere più di un gioco.

Esplorando una stazione spaziale abbandonata, McKay fa uscire dalla stasi uno dei suoi abitanti. È uno scienziato, e spiega alla squadra che la base è stata un ultimo sforzo da parte della sua gente per sfuggire ai massacri dei Wraith.

L'intera città si è presa una giornata di riposo e la squadra sta facendo del suo meglio per rilassarsi, quando, senza preavviso, una misteriosa esplosione spacca la città ferendo e uccidendo gli ignari abitanti.

La squadra cerca una piattaforma di perforazione mobile geotermica lasciata inattiva dagli Antichi. Mentre la esplorano, Teyla percepisce la presenza di un Wraith. Weir pensa sia causata dalla pressione, e ordina alla squadra di andare avanti.

Dopo aver aiutato i Taraniani a trasferirsi, la squadra Atlantis non ha notizia del villaggio per molto tempo. Raggiungendolo, la squadra scopre che i Taraniani lo hanno abbandonato, e McKay rileva segni di vita sottoterra.

La squadra è scioccata quando un satellite con uno stargate orbita su Atlantide. Quando lo stargate inizia a trasmettere un raggio di energia, attaccando la città, McKay si ispira agli Antichi e decide di affondare di nuovo la città di Atlantide.